当毕业论文中的参考文献被标红时，这通常意味着参考文献的格式存在问题，或者查重系统无法正确识别这些文献。以下是一些解决步骤和建议：

1、检查参考文献格式

首先，需要仔细检查参考文献的格式是否符合学校或期刊的要求。参考文献的格式包括作者姓名、文章标题、期刊名称、发表年份、卷号、期号、页码等信息的排版和顺序。确保每个部分都准确无误，并且符合规定的格式要求。

2、修改格式错误

如果发现参考文献格式存在错误，需要立即进行修改。可以参考学校或期刊提供的参考文献格式模板，或者查阅相关的文献格式规范，如GB/T 7714、APA、MLA等。在修改时，注意每个细节，如标点符号、空格、大小写等，都要符合规范。

3、重新排版和检查

在修改完参考文献格式后，需要重新排版并仔细检查整个论文。确保所有部分都符合学校或期刊的要求，并且没有遗漏或错误。

4、提交前多次查重

在提交论文之前，建议多次使用不同的查重系统进行查重，以确保论文的重复率符合学校或期刊的要求。同时，也可以避免因为查重系统之间的差异而导致的不必要的麻烦。

总之，当毕业论文中的参考文献被标红时，需要仔细检查格式是否正确，并采取相应的措施进行修改。同时，也需要注意查重系统的要求和限制，以确保论文的重复率符合规定。